5 automatizirani softver za kariotipiranje za mapiranje kromosoma

Kariotipiranje je proces naručivanja i sparivanja svih kromosoma koji se nalaze u organizmu kako bi se dobio sveobuhvatan pogled na cijelu 'kartu' kromosoma pojedinca.

Ali prvo se pobrinimo da razumijemo što su kromosomi na prvom mjestu. Kromosomi su strukture koje izgledaju slično niti koje se nalaze unutar jezgre svake od stanica vašeg tijela.

Svaka struktura kromosoma sadrži cijeli plan genetske informacije vašeg tijela. To diktira način na koji je vaše tijelo strukturirano, reagira na podražaje, predispozicije za bolesti, itd. Žene imaju 2 'X' kromosoma, a muškarci imaju jedan 'X' i jedan 'Y' kromosom. Svaka stanica vašeg tijela sadrži 23 para kromosoma, ukupno 46 kromosoma.

Da bi istraživači mogli razumjeti sekvence kromosoma svakog pacijenta, oni koriste softver za kariotipizaciju . Ova vrsta softvera je dizajnirana za obavljanje analize kromosoma, te procjenjuje strukturu i broj kromosoma osobe. Na taj način istraživači i znanstvenici mogu otkriti abnormalnosti.

U ovom članku ćemo istražiti neke velike softverske opcije koje vam omogućuju izvođenje analize kariotipa.

Top 5 automatiziranih alata za kariotipizaciju koji će se koristiti u 2019. godini

ArgusSoft

ArgusSoft je odlična softverska opcija koja vam omogućuje automatsko kariotipiranje ljudskih kromosoma po položaju, a također se može koristiti za kariotipiranje životinja i kromosoma biljaka na internetu.

Ključne značajke:

G, Q, R bojenje
Automatizirano kariotipiranje ljudskih kromosoma s prepoznavanjem krivina
Automatizirano kariotipiranje kromosoma svinja
3 ugrađene baze standardnih ideograma ljudskih kromosoma s različitim razinama čišćenja - razina 400, 550 i 850
Može dodati baze standardnih kromosomskih ideograma za druge životinjske i biljne vrste
Metode pripreme uzoraka
Unos slika metafazne ploče pomoću kamere i skenera
Prateći sliku s grafikom
Automatska podjela primijenjenih i kontaktnih kromosoma
Usporedba kromosoma i ideograma

Također možete koristiti ArgusSoft za treniranje sustava prepoznavanja kromosoma pomoću unaprijed postavljenih priprema, može prenijeti slike metafaznih ploča i kariograma u ugrađenu bazu podataka, može proizvesti obrasce izvješća, ispraviti kariograme te pohraniti i ispisati slike i rezultate analize.

Možete dobiti obuku i podršku za korištenje ArgusSofta s njihove službene web stranice. Centar za podršku uključuje obuku, održavanje i savjetodavne usluge.

Pokušajte ArgusSoft

HiBand tvrtke Applied Spectral Imaging

HiBand je softver koji je stvorio Applied Spectral Imaging, koji može izvršiti naprednu analizu kromosoma pomoću digitalnih kariotipskih značajki. Ovaj softver

koristi automatizirane značajke skeniranja za dubinsku analizu strukture kromosoma.

Možete koristiti široki raspon značajki HiBanda za indeksiranje, brojanje, spremanje i upravljanje podacima o rezultatima. Također možete koristiti ovaj moćan softver za automatsko skeniranje kromosomskog slijeda.

Rezultati dobiveni korištenjem karyotyping značajki pronađenih HiBand mogu biti pohranjeni na sigurnom mjestu s lozinkom zaštićene i šifrirane slojeve. To vam omogućuje mir u pogledu gubitka važnih podataka o sekvenciranju, a time i poboljšanja učinkovitosti vašeg laboratorija.

Razvrstavanje rezultata se obavlja na vrlo jednostavan način, samo trebate potražiti određeni slijed kromosoma, a svi rezultati prikazani su na dobro sadržanom zaslonu koji nudi jednostavan pristup za izmjenu, pregled i dodavanje oznaka bilo kojem datoteka.

Ključne značajke:

Brightfield Karyotyping-G-Band i R-Band
Fluorescentno kariotipiranje-Q-pojas, R-pojas i FISH
Spektralna kariotipizacija
Automatsko brojanje kromosoma
Kromosomsko indeksiranje i klasifikacija
Napredno odvajanje kromosoma i napredna poboljšanja slike
Galerija slika - može prikazati sve slučajne metafaze i kariotipove na jednom zaslonu
Može usporediti kromosome - vidjeti ih rame uz rame
Abberant Ideogram - u generator slike možete dodati kromosome, stanice, ideograme i bilješke

HiBand upotrebljava potpuno automatizirane radne procese za povećanje učinkovitosti laboratorija, ima značajke "skokova i pokretanja", pronalazi metafaze, automatski čita bar kodove, učitava slike u stvarnom vremenu tijekom skeniranja slajdova te izvozi u laboratorij LIS Central Portal i Baza podataka.

Pokušajte HiBand

Ikaros od MetaSystems

Ovaj karyotyping sustav ima uvelike intuitivno korisničko sučelje koje nudi sve značajke na jednom zaslonu. To omogućuje jednostavan i brz pristup svim dobivenim informacijama.

Ikaros se može koristiti s Neonom, koji je platforma dizajnirana za pomoć s podacima o slikama i organizaciji slučajeva. Neon prikuplja podatke iz svih poslova snimanja, vanjskih izvora i omogućuje vam da ih predstavite na lako razumljiv način pomoću nadzorne ploče za upravljanje predmetima.

Ovaj alat vam omogućuje da uvijek imate pri ruci važne informacije i pohranite ih na siguran način, ali koristi vrlo jake algoritme upravljanja podacima, ima lijep raspon načina za promatranje podataka i može pružiti specifična pretraživanja na temelju ključnih riječi i karakteristika podataka.

Pogledajte više informacija o Neonu i njegovim značajkama ovdje .

Ikaros podržava različite tehnike vezanja - Brightfield G-Band i R-Band, Q-pojas fluorescencije, R-Band i FISH -, nudi velik broj predefiniranih kariogramskih oblika za ljude, biljke i životinje. Možete jednostavno urediti te obrasce da biste dodali podatke potrebne za vrstu istraživanja koje radite.

Činjenica da možete usporediti kromosome klasom ili kariogramima, nudi vam iznimno korisne informacije koje vam omogućuju lako prepoznavanje razlika.

Pokušajte s Ikarosom

Metaklasa tvrtke Microptic

MetaClass je izvrstan karyotyoping softver koji je dizajniran na modularan način. Ovaj softver pomaže vam u izvođenju kariotipiranja i FISH studija kromosoma.

MetaClass se formira iz sljedećih modula:

MetaClass baza podataka

Baza podataka koja se može instalirati s bilo kojim modulom MetaClass. Omogućuje pohranjivanje pojedinosti o pacijentu i omogućuje jednostavan pristup rezultatima. Pomoću ovog modula možete izraditi prilagođena izvješća na bilo kojem jeziku.

MetaClass Karyotyping

Omogućuje vam da proučavate kariotip nakon što su slike faze pripreme metafaze digitalno snimljene i rasporedite ih u parove na temelju veličine, položaja, itd. Ovaj modul daje izvrsne rezultate kvalitete kada su u pitanju trake kromosoma, a također može pružiti vam profesionalna izvješća.

Glavne značajke uključuju:

Proučavanje kariotipa analizirano je pod povećanjem od 100x u svijetlom polju
Može snimiti nekoliko metafaznih slika
Kvaliteta slike može se promijeniti za oštrije rezultate
Automatska klasifikacija kromosoma
4 prikaza zaslona - prozor metafaze, kariotipa i neklasificiranog kromosoma
Može prikazati prototipove kromosoma
Kromosomi koji nisu klasificirani mogu se automatski ili ručno ispraviti - preklapanja, odvajanje, križanja, rotacije itd.
MTC datoteke sesija ili BMP slike mogu se spremiti i ponovno učitati u bilo koje vrijeme
Može izvesti pojedinačne kromosome u bazu podataka Metaclass s mogućnošću dodavanja komentara i bilješki

Evo primjera Metaclass izvješća o kariotipiranju.

MetaClass FISH

To je modul za analizu koji vam omogućuje dobivanje slike fluorescentne IN SITU hibridizacije (FISH). Ovaj modul bilježi slike pomoću fluorescentnih DNA sondi i omogućuje potvrdu genetskih abnormalnosti - trisomije, mokrodelicije, kromosomske preraspodjele itd.

FISH slike se analiziraju pod povećanjem od 100x i za širi raspon jasnoće slike, također mogu snimati slike s različitim filtrima.

Ako vas zanima više informacija o gore navedenim modulima i drugim značajkama, možete pogledati katalog MetaClass.

Ako ste znatiželjni tip i želite vidjeti izvješće dobiveno pomoću FISH metode, možete

uzorak PDF datoteke.

Pokušajte MetaClass

GenASis Bandview

GenASis Bandview je još jedan odličan karyotyping softver koji je izgrađen od modula s različitim capabitilites. Pomoću ove aplikacije možete izvršiti dijagnostiku kariotipa i dobiti točne rezultate testa.

Ovaj softver vam omogućuje da u potpunosti prilagodite tijek rada i proces dijagnoze, ovisno o potrebama vaše tvrtke i ciljevima koje pokušavate postići.

Širok raspon alata u programu BandView lako je dostupan samo jednim klikom miša te nudi snažno iskustvo kariotipa G / R / C / Q-Band. Možete birati između automatiziranog ili ručnog tijeka rada kada je riječ o pronalaženju metafaza i snimanju slika.

Abnormalnosti kromosoma, ako se nađu, mogu se promatrati dodavanjem, brisanjem ili preraspodjelom pacijentovog genetskog materijala. S BandViewom možete koristiti skupinu FISH molekularne tehnike.

FISH koristi fluorescentne sonde za vezanje na različite dijelove kromosoma, omogućujući softveru da detektira i lokalizira abnormalite koji se nalaze u specifičnim DNA sekvencama.

Pokušajte GenASis Bandview

Zaključak

U ovom smo članku istražili neke od najboljih automatiziranih kariotipskih programa koji postoje na tržištu krajem 2018. godine.

Karyotyping softverske mogućnosti obuhvaćene ovim člankom nude vam različite mogućnosti koje će vam pomoći da postignete ciljeve vaše tvrtke.

Koristeći ovu vrstu softvera, možete brzo izbrojati tisuće struktura kromosoma, analizirati ih različitim profesionalnim tehnikama i proizvesti kvalitetna izvješća koja će vam omogućiti da s lakoćom utvrdite bilo kakve abnormalnosti.

Voljeli bismo saznati što mislite o softveru koji smo predstavili na ovoj top 5 listi. Slobodno nas obavijestite pomoću odjeljka za komentare u nastavku.

VEZANE VEZE KOJE TREBA PROVJERITI: